به سال 1333 ه.ش در شهرستان میاندوآب در یك خانواده مذهبی و با ایمان متولد شد. در دوران كودكی، مادرش را – كه بانویی باایمان بود – از دست داد. تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رسانید و در دوره دبیرستان (همزمان با شهادت برادرش علی باكری به دست دژخیمان ساواك) وارد جریانات سیاسی شد.
پس از اخذ دیپلم با وجود آنكه از شهادت برادرش بسیار متاثر و متالم بود، به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مكانیك مشغول تحصیل شد. از ابتدای ورود به دانشگاه تبریز یكی از افراد مبارز این دانشگاه بود. او برادرش حمید را نیز به همراه خود به این شهر آورد. شهید باكری در طول فعالیت های سیاسی خود (طبق اسناد محرمانه بدست آمده) از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی (ساواك) تحت كنترل و مراقبت بود. پس از مدتی حمید را برای برقراری ارتباط با سایر مبارزان، به خارج از كشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم برای مبارزین داخل كشور فعال شود.
شهید مهدی باكری در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه حضرت امام خمینی( رحمت الله علیه ) – در حالی كه در تهران افسر وظیفه بود – از پادگان فرار و به صورت مخفیانه زندگی كرد و فعالیت های گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.
بعد از پیروزی انقلاب و به دنبال تشكیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد در آمد و در سازماندهی و استحكام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا كرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد. همزمان با خدمت در سپاه، به مدت 9 ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزندهای را از خود به یادگار گذاشت. ازدواج شهید مهدی باكری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود. مهریه همسرش اسلحه كلت او بود. دو روز بعد از عقد به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسئولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزندهای برای مردم انجام داد.
شهید باكری در مدت مسئولیتش به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاشهای گستردهای را در برقراری امنیت و پاكسازی منطقه از لوث وجود وابستگاه و مزدوران شرق و غرب انجام داد و بهرغم فعالیت های شبانهروزی در مسئولیتهای مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تكلیف خویش را در جهاد با كفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبههها شد.
شهید باكری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در عملیات فتحالمبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در كسب پیروزیها موثر باشد. در این عملیات یكی از گردانها در محاصره قرار گرفته بود، كه ایشان به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر بینظیر آنان را از محاصره بیرون آورد. در همین عملیات در منطقه رقابیه از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله كمتر از یك ماه در عملیات بیتالمقدس ( با همان عنوان) شركت كرد و شاهد پیروزی لشكریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود. در مرحله دوم عملیات بیتالمقدس از ناحیه كمر زخمی شد و با وجود جراحتهایی كه داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بیسیم هدایت كند.
در عملیات رمضان با سمت فرماندهی تیپ عاشورا به نبرد بیامان در داخل خاك عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد، اما با هر نوبت مجروحیت، وی مصممتر از پیش در جبههها حضور مییافت و بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانهروز تلاش میكرد. در عملیات مسلم بن عقیل با فرماندهی او بر لشكر عاشورا و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاك گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیك آزاد شد.
شهید باكری در عملیات والفجرمقدماتی و والفجر یك، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشكر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداكار، در انجام تكلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همهجانبهای را از خود نشان داد. در عملیات خیبر زمانی كه برادرش حمید، به درجه رفیع شهات نایل آمد، با وجود علاقه خاصی كه به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانوادهاش تماس گرفت و چنین گفت: شهادت حمید یكی از الطاف الهی است كه شامل حال خانواده ما شده است. و در نامهای خطاب به خانوادهاش نوشت:
من به وصیت و آرزوی حمید كه باز كردن راه كربلا میباشد همچنان در جبههها میمانم و به خواست و راه شهید ادامه میدهم تا اسلام پیروز شود. تلاش فراوان در میادین نبرد و شرایط حساس جبههها، را از حضور در تشییع پیكر پاك برادر و همرزمش كه سالها در كنار بود بازداشت. برادری كه در روزهای سراسر خطر قبل از انقلاب، در مبارزات سیاسی و در جبههها، پا به پای مهدی، جانفشانی كرد.
نقش شهید باكری و لشكر عاشورا در حماسه قهرمانانه خیبر و تصرف جزایر مجنون و مقاومتی كه آنان در دفاع پاتكهای توان فرسای دشمن از خود نشان دادند بر كسی پوشیده نیست. در مرحله آمادهسازی مقدمات عملیات بدر، اگرچه روزها به كندی میگذشت اما مهدی با جدیت، همه نیروها را برای نبردی مردانه و عارفانه تهییج و ترغیب كرد و چونان مرشدی كامل و عارفی واصل، آنچه را كه مجاهدان راه خدا و دلباختگان شهادت باید بدانند و در مرحله نبرد بكار بندند، با نیروهایش درمیان گذاشت.
همه برادران تصمیم خود را گرفتهاند، ولی من به خاطر سختی عملیات تاكید میكنم. شما باید مثل حضرت ابراهیم(علیه السلام) باشید كه رحمت خدا شامل حالش شد، مثل او در آتش بروید. خداوند اگر مصلحت بداند به صفوف دشمن رخنه خواهید كرد. باید در حد نهایی از سلاح مقاومت استفاده كینم.
هرگاه خداوند مقاومت ما را دید رحمت خود را شالم حال ما میگرداند. اگر از یك دسته بیست و دو نفری، یك نفر بماند باید همان یك نفر مقاومت كند و اگر فرمانده شما شهید شد نگویید فرمانده نداریم و نجنگیم كه این وسوسه شیطان است. فرمانده اصلی ما، خدا و امام زمان(عجل الله تعالی فرجه الشریف) است. اصل، آنها هستند و ما موقت هستیم، ما وسیله هستیم برای بردن شما به میدان جنگ. وظیفه ما مقاومت تا آخرین نفس و اصاعت از فرماندهی است.
تا موقعی كه دستور حمله داده نشده كسی تیراندازی نكند. حتی اگر مجروح شد سكوت را رعایت كند، دندانها را به هم بفشارد و فریاد نكند. با هر رگبار سبحانالله بگویید. در عملیات خسته نشوید. بعد از هر درگیری و عملیات، شهدا و مجروحین را تخلیه كرده و با سازماندهی مجدد كار را ادامه دهید. حداكثر استفاده از وسایل را بكنید. اگر این پارو بشكند، به جای آن پاروی دیگری وجود ندارد. با همین قایقها باید عملیات بكنیم. لباس های غواصی را خوب نگهداری كنید. یك سال است دنبال این امكانات هستیم.
مهدی در شب عملیات وضو میگیرد و همه گردان ها را یك یك از زیر قرآن عبور میدهد. مداوم توصیه میكند:
برادران! خدا را از یاد نبرید نام امام زمان(عجل الله تعالی فرجه الشریف) را زمزمه كنید. دعا كنید كه كار ما برای خدا باشد. از پشت بیسیم نیز همه را به ذكر «لاحول و لاقوه الا بالله» تحریض و تشویق میكند.
لشكر عاشورا در كنار سایر یگانهای عمل كننده نیروی زمینی سپاه، در اولین شب عملیات بدر، موفق به شكستن خط دشمن میشود و روز بعد به تثبیت مواضع در ساحل رود میپردازد.
در مرحله دوم عملیات، از سوی لشكر عاشورا حملهای نفسگیر به واحدهایی از دشمن كه عالم فشار برای جناح چپ بودند، آغاز میشود. حملهای كه قلع و قمع دشمن و گرفتن انتقام و قطع كامل دست دشمن از تعرض به نیروها در جناح چپ ثمره آن بود.